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进化树构建思维导图
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树结构，建树方法，替换模型等内容讲解
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思维导图大纲
进化树构建思维导图模板大纲
树结构
分支
节点
枝长
有根树 无根树
外群定根法
建树方法
距离矩阵法
NJ
mega
phylip
UPGMA
特征数据
MP
不依赖模型
ML（最大似然法）
最常用
raxml
phyml
贝叶斯推断（BI）
更准确（比较慢）
方法选择
极高相似度
MP
明显相似度
距离矩阵法NJ
一般相似度
ML
BI
物种树构建
连接法（串联法）
单拷贝基因家族比对结果链接成surpergene
建树
合并法
每个单拷贝基因家族建树，用astral软件合并
替换模型
核酸序列
机理模型
JC69
K80
HKY85
GTR
氨基酸序列
经验模型
WAG
JTT
建树步骤
多序列比对
muscle
mafft
fasta格式氨基酸序列或核酸序列
进化树构建
输入
多序列比对结果，fasta格式，phy格式
软件
raxml、fasttree
输出
进化树
进化树展示
mega
figtree
itol
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