鸭梨MYB转录因子思维导图
鸭梨MYB转录因子
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思维导图大纲
鸭梨MYB转录因子思维导图模板大纲
第五章 鸭梨MYB下游靶基因的鉴定与分析
1 全基因组潜在靶基因分析
使用JASPAR在线网站先预测PbMYB转录因子的结合位点。然后从NCBI数据库下载白梨全基因组数据，使用TBtools软件提取白梨全部编码基因的上游2000bp启动子序列，然后用基迪奥在线网站对PbMYB转录因子可能的下游靶基进行KEGG富集分析。
2 潜在靶基因的启动子序列分析
为了探究PbMYB转录因子是否对与鸭褐变相关的基因存在调控作用基于实验室前期研究结果，整理出与鸭梨褐变相关的27 个基因，提取这些基因ATG密码子上游2000bp序列，并提交至PIantCare网站分析顺式作用元件，查看是否有 MYB 转录因子结合元件，以此判断该基因是否可能为MYB转录因子调控的下游靶基因。
3基因组DNA的提取
采用鸭梨果皮提取基因组 DNA。通过天根 Plant Genomic DNAKit(DP305)提取鸭梨基因组 DNA，依照说明书进行操作。
4 靶基因启动子克隆
依据查找出的启动子序列设计扩增引物，以鸭梨基因组 DNA 为模板进行扩增反应。将所得目的片段与T载体连接，转化、涂板，培养后鉴定阳性单克隆并进行测序，以确定 查找出的启动子 的序列。
5蛋白原核表达和纯化
将PbMYB基因的全长序列构建到表达载体 pGEX-4T-1(带有 GST标签)上，测序获得重组质粒后，将重组质粒导入 DE3(BM Rosetta) 感受态细胞中进行诱导表达，之后使用 PBS 缓冲液重悬菌体，并通过 GST-纯化树脂纯化蛋白。
6凝胶阻滞迁移试险（EMSA）
① 探针标记:在启动子 MYB 核心序列附近设计探针引物使用碧云天 EMSA 探针生物素标记试剂盒(GS008)对探针进行生物素标记. ②EMSA反应:制胶→预电泳→EMSA结合反应→电泳→转膜→化学发光法检测生物素标记的探针
第四章 鸭梨MYB转录因子基因的克隆与表达分析
1 三种成熟度鸭梨果心组织总 RNA 提取
2 RNA 完整性
3 RNA 浓度与纯度
4 PbMYB基因相对表达量
5 鸭梨MYB转录因子基因克隆
6.相关性分析
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